Die Region ist eine durch markante Keuperkuppen und Höhenrücken geprägte Landschaft am Südrand des Thüringer Beckens, welche von einer überwiegend ackerbaulichen Nutzung umgeben wird.
Weithin sichtbar ist das Burgenensemble der Drei Gleichen mit den auf den überwiegend bewaldeten Bergkegeln besetzten mittelalterlichen Burgruinen Wanderslebener Gleiche, Mühlburg und Wachsenburg.
Im Gebiet finden sich naturnahe Waldausprägungen (u. a. Trockenwälder), ein durch kulturhistorische Nutzung (u. a. Hutung, Steinbrüche) entstandenes Mosaik aus Steppen-, Trocken- und Halbtrockenrasen, Trockengebüsche sowie vegetationsarme Aufschlüsse, die sogenannten Keuper-„badlands“ (farblich auffallende Erosionsfurchen mit gebänderten Felsformationen) und viele Streuobstwiesen. Das Gebiet der Drei Gleichen ist außerdem Teil des Nationalen Geoparks „Inselsberg – Drei Gleichen“.
Landschaftsprägend für die Region sind zahlreiche Kalktrocken- und Steppenrasen mit teils herausragenden Orchideen-Beständen, wie das Purpur-Knabenkraut (Orchis purpurea) oder die Herbst-Wendelorchis (Spiranthes spiralis). Auch der Frauenschuh (Cypripedium calceolus), als größte und wohl schönste heimische Orchidee hat in den lichten Wäldern auf den Muschelkalk-Höhenzügen bedeutsame Vorkommen. Ein besonders schöner Schmetterling ist der stark gefährdete Skabiosen-Scheckenfalter (Euphydryas aurinia), allgemein als Goldener Scheckenfalter bezeichnet. Das Stationsgebiet beherbergt neben dem Nationalpark Hainich eines der letzten größeren Vorkommen dieser seltenen Falterart in Thüringen.
Der Hirschkäfer (Lucanus cervus), das Wappentier der Natura 2000-Station, hat im Drei Gleichen-Gebiet eines der Hauptvorkommen in Thüringen. Der Hirschkäfer, als eines der imposantesten heimischen Insekten, kommt insbesondere in wärmegetönten Laubmischwäldern, aber auch in Streuobstwiesen und Gärten mit geeigneten Habitatbäumen vor. Durch den Erhalt von strukturreichen Waldrändern und Offenlandflächen können gleichzeitig der Hirschkäfer sowie die reichhaltige Vegetation dieser Standorte gefördert werden. Die Aktivitäten werden in enger Kooperation mit den hiesigen Forstämtern umgesetzt und dienen damit als Brücke zwischen Naturschutz und weiteren Landnutzern.